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immune_bar_plot.r 免疫侵润分析bar绘图
使用方法：
$ Rscript immune_bar_plot.r -h usage: immune_bar_plot.r [-h] -i filepath [-t title] [-a xlab] [-b ylab] [-m metadata] [-g group [group ...]] [-x] [-o outdir] [-n prefix] [-H height] [-W width] immune bar plot optional arguments: -h, --help show this help message and exit -i filepath, --input filepath input the immune martix [required] -t title, --title title input legend tittle name [default cell type] -a xlab, --xlab xlab input xlab [default sample] -b ylab, --ylab ylab input ylab [default fraction] -m metadata, --metadata metadata input metadata file [default NULL] -g group [group ...], --group group [group ...] name of group order [default NULL] -x, --no.xaxis not show x axis sample name [default False] -o outdir, --outdir outdir output file directory [default cwd] -n prefix, --name prefix out file name prefix [default demo] -H height, --height height the height of pic inches [default 7] -W width, --width width the width of pic inches [default 12]
参数说明：
使用举例：
#绘制免疫侵润柱状图 Rscript $scriptdir/immune_bar_plot.r -i immu/cibersort.res.tsv -n cibersort.bar \ -o immu --ylab fraction --no.xaxis #按照分组进行排序 Rscript $scriptdir/immune_bar_plot.r -i immu/cibersort.res.tsv -n cibersort.bar.g \ -m metadata.group.tsv -g subtype.hclust -o immu --ylab fraction --no.xaxis
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