今天就跟大家聊聊有关R语言中怎么用ggtree画圆形的树状图展示聚类分析的结果，可能很多人都不太了解，为了让大家更加了解，小编给大家总结了以下内容，希望大家根据这篇文章可以有所收获。
做完聚类分析通常可以选择树形图来展示聚类分析的结果，之前公众号也分享过一篇文章 R语言聚类树图小例子 如果样本数不是很多，可以选择矩形的树状图。但是样本数如果比较多，比如今天一位公众号的读者留言说他有160多个样本，这样矩形的树状图就会比较宽或者比较长。这个时候就可以选择用圆形的柱形图来展示。
那么圆形的树状图如何实现呢？我查找了一下相关资料。R语言包dendextend这个包可以实现，利用help(package="dendextend")查看帮助文档，能够看到其中的一个小例子
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iris2<-iris[,-5]species_labels<-iris[,5]library(colorspace)species_col<-rev(rainbow_hcl(3))[as.numeric(species_labels)]d_iris<-dist(iris2)hc_iris<-hclust(d_iris,method="complete")iris_species<-rev(levels(iris[,5]))iris_specieslibrary(dendextend)dend<-as.dendrogram(hc_iris)dend <- color_branches(dend, k=3)labels(dend) <- paste(as.character(iris[,5])[order.dendrogram(dend)], "(",labels(dend),")", sep = "")circlize_dendrogram(dend)
但是这个后期美化起来好像不太方便。
还找到了一个参考链接是 http://talgalili.github.io/dendextend/articles/dendextend.html
介绍的也是 dendextend这个包的用法。
Y叔开发的
ggtree包时用来可视化进化树的，我隐约记得好像也可以用来画聚类分析的树状图。所以我搜索 ggtree show cluster result 找到 http://yulab-smu.top/treedata-book/chapter9.html 这个应该是Y叔专门为ggtree写的一本书。这里写到直接将聚类分析的结果传递给ggtree()就可以，比如
library(ggtree)hc <- hclust(dist(mtcars))ggtree(hc)这里我先用了 我之前在3.6.1版本上安装的ggtree，是不可以的。应该是需要更新到最新的ggtree版本。如何更新R包这里我没有仔细研究。我直接安装了R4.0.3，然后在这个R版本里安装ggtree
install.packages("BiocManager")BiocManager::install("ggtree")这个时候再运行上面提到的例子就可以直接得到结果
library(ggtree)hc <- hclust(dist(mtcars))ggtree(hc)
把树的形状改为圆形，添加样本的名称
ggtree(hc,layout = "circular")+ geom_tiplab2(offset=10)+ xlim(0,300)
鸢尾花数据集是150个样本，用圆形的图看下效果
df<-iris[,1:4] rownames(df)<-paste(iris$Species,1:150,sep="_")hc<-hclust(dist(df))library(ggtree)help(package="ggtree")ggtree(hc,layout="circular")+ xlim(0,5)+ geom_tiplab2(offset=0.1, size=2)+ #geom_text(aes(label=node))+ geom_highlight(node = 152,fill="red")+ geom_highlight(node=154,fill="steelblue")+ geom_highlight(node=155,fill="green")+ geom_cladelabel(node=152,label="virginica", offset=1.2,barsize = 2, vjust=-0.5,color="red")+ geom_cladelabel(node=154,label="versicolor", offset=1.2,barsize = 2, hjust=1.2,color="steelblue")+ geom_cladelabel(node=155,label="setosa", offset=1.2,barsize = 2, hjust=-1,color="green")最终的结果是
看完上述内容，你们对R语言中怎么用ggtree画圆形的树状图展示聚类分析的结果有进一步的了解吗？如果还想了解更多知识或者相关内容，请关注亿速云行业资讯频道，感谢大家的支持。
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