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癌症作为人类健康的头号杀手,引起了科研工作者的官方关注。鉴于DNA甲基化修饰在肿瘤中的重要作用, MethyCancer
数据库整合了DNA甲基化数据和基因表达谱数据,将癌症与相关的基因联系起来,
网址如下
http://methycancer.psych.ac.cn/
在数据库的首页,有人类染色体的标示图,可以快速的查看每条染色体上相关的数据概况。
MethyCancer
中的甲基化数据共有5个来源:
HEP
MethDB
UHN
Columbia University
BIG
对于这5个不同来源的数据,划分成了7种不同的类型
Methylation region
Methylation content
Methylation pattern
Methylation profile
CpG Island I
CpG Island II
CpG Island III
具体的定义可以查看官网的详细说明。通过这个数据库,我们可以方便的检索到癌症相关的基因。
设置好检索条件之后,点击search
按钮,就可以看到如下结果:
点击对应的Cancer Name
, 可以看到所有和该癌症相关的基因,比如Overview of breast tumors
相关的基因,这些基因就可以作为该癌症研究对应的panel
。
在该数据库中,还提供了一个CpG岛的预测工具
输入一段fasta序列,然后定义好其他的几个阈值,提交就可以了。
最重要的一点,这个数据库是可以免费下载。
以上是“MethyCancer数据库怎么用”这篇文章的所有内容,感谢各位的阅读!相信大家都有了一定的了解,希望分享的内容对大家有所帮助,如果还想学习更多知识,欢迎关注亿速云行业资讯频道!
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