温馨提示×

温馨提示×

您好,登录后才能下订单哦!

密码登录×
登录注册×
其他方式登录
点击 登录注册 即表示同意《亿速云用户服务条款》

RADAR数据库有什么用

发布时间:2022-01-15 17:48:51 来源:亿速云 阅读:276 作者:小新 栏目:大数据

这篇文章主要为大家展示了“RADAR数据库有什么用”,内容简而易懂,条理清晰,希望能够帮助大家解决疑惑,下面让小编带领大家一起研究并学习一下“RADAR数据库有什么用”这篇文章吧。

RNA编辑作为一种重要的转录后调控机制,是转录组研究中的热点。在不同类型的RNA编辑中,A->I的RNA编辑是最常见的,有许多的软件可以用于识别这种类型的RNA编辑。

RADAR数据库收集整理了human, mouse, fly等多个物种的RNA编辑位点的证据,并进行了手工注释,提供了基于web页面的查询方式,网址如下

http://rnaedit.com/

通过官网的查询功能,可以方便的进行检索,示意图如下

RADAR数据库有什么用

选择对应的物种,然后提供了多种检索条件,可以按照染色体位置查询,也可以直接查询某个基因相关RNA编辑位点。

在该数据库中,对于RNA编辑位点所在的位置,提供了以下两种注释。

第一种是基因组特征区域,比如5’UTR, 3’UTR等,第二种是重复元件的注释,大量研究发现RNA编辑位点在Alu重复序列中广泛存在,而RADAR根据RNA编辑位点所在重复区域的特征,划分成了Alu重复序列,非Alu重复序列,非重复序列3个特征区域。

同时也提供了RNA编辑位点在物种间的保守性,比如查询human和mouse两个物种间保守的RNA编辑位点。

以human AHR基因为例,查询结果示意如下

RADAR数据库有什么用

点击Position对应的链接,可以跳转到UCSC基因组浏览器,具体的查看某个RNA编辑位点,Reference给出了对应的文献,而Editing levels则给出了不同组织中RNA编辑位点的表达量,示意如下

RADAR数据库有什么用

有助于研究RNA编辑位点的组织特异性。该数据库提供了下载功能,示意如下

RADAR数据库有什么用

可以直接下载不同物种的RNA编辑位点数据,对于human,还可以单独下载某种重复序列区域的RNA编辑位点。

以上是“RADAR数据库有什么用”这篇文章的所有内容,感谢各位的阅读!相信大家都有了一定的了解,希望分享的内容对大家有所帮助,如果还想学习更多知识,欢迎关注亿速云行业资讯频道!

向AI问一下细节

免责声明:本站发布的内容(图片、视频和文字)以原创、转载和分享为主,文章观点不代表本网站立场,如果涉及侵权请联系站长邮箱:is@yisu.com进行举报,并提供相关证据,一经查实,将立刻删除涉嫌侵权内容。

AI