这篇文章主要介绍“如何使用TCGAbiolinks进行生存分析”，在日常操作中，相信很多人在如何使用TCGAbiolinks进行生存分析问题上存在疑惑，小编查阅了各式资料，整理出简单好用的操作方法，希望对大家解答”如何使用TCGAbiolinks进行生存分析”的疑惑有所帮助！接下来，请跟着小编一起来学习吧！
TCGAbiolinks不仅提供了数据的下载功能，还提供了各种各样的下游分析功能，生存分析是TCGA数据最经典的应用场景之一，通过TCGAbiolinks可以轻松实现生存分析。
在进行生存分析之前，首先要得到患者的临床数据。在之前的文章中介绍了通过GDC来下载临床数据的方法，在GDC中临床数据有两种形式
XML
每个样本的所有临床信息以XML的格式进行存储，该文件中包含的临床信息是最为全面的
TSV/JSON
将需要下载的数据添加到GDCcart之后，可以选择下载tsv或者json格式的临床信息，这种方式得到的信息只是XML中信息的一个子集，缺点就是不够完整，但是对于生存分析而言却是足够了，而且该文件中患者的生存信息比XML文件更新的快。
这两种临床信息的下载方式如下
结果示意如下
结果示意如下
此外，还提供了从GDC Legacy Archive数据库下载临床信息的功能，用法如下
在进行生存分析时，更推荐使用TSV/JSON格式的生存信息，更新的更加及时，具体用法如下
结果如下所示
到此，关于“如何使用TCGAbiolinks进行生存分析”的学习就结束了，希望能够解决大家的疑惑。理论与实践的搭配能更好的帮助大家学习，快去试试吧！若想继续学习更多相关知识，请继续关注亿速云网站，小编会继续努力为大家带来更多实用的文章！
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