本篇内容主要讲解“R语言的heatmap_group_plot.r如何使用”，感兴趣的朋友不妨来看看。本文介绍的方法操作简单快捷，实用性强。下面就让小编来带大家学习“R语言的heatmap_group_plot.r如何使用”吧!
heatmap_group_plot.r 分组热图展示免疫侵润结果
使用参数说明：
计算
安全
数据库
网络和加速
企业服务
$ Rscript heatmap_group_plot.r -h
usage: heatmap_group_plot.r [-h] -i filepath -m
filepath -g group
[group ...]
[-l filepath]
[-t topnumber]
[--scale SCALE]
[--log2]
[--cluster_rows]
[--cluster_cols]
[--show_rownames]
[--show_colnames]
[-c color [color ...]]
[-o outdir]
[-p prefix]
[-H height]
[-W width]
plot heatmap
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
-i filepath, --input filepath
input the immune res data,[required]
-m filepath, --metadata filepath
input metadata file path[required]
-g group [group ...], --group group [group ...]
input group id in metadata file, can set multi
groups[required]
-l filepath, --genelist filepath
gene list file to keep [default NULL]
-t topnumber, --top topnumber
The top var to plot [default NULL]
--scale SCALE character indicating if the values should be centered
and scaled in either the row direction or the column
direction, or none. Corresponding values are "row",
"column" and "none" [default="row"]
--log2 whether do log2 transfrom [optional, default: False]
--cluster_rows whether cluster_rows [optional, default: False]
--cluster_cols whether cluster_cols [optional, default: False]
--show_rownames whether show_rownames [optional, default: False]
--show_colnames whether show_colnames [optional, default: False]
-c color [color ...], --color color [color ...]
color map of heatmap, give three color
[default=c('blue', 'white', 'red')
-o outdir, --outdir outdir
output file directory [default cwd]
-p prefix, --prefix prefix
out file name prefix [default demo]
-H height, --height height
the height of pic inches [default 9]
-W width, --width width
the width of pic inches [default 10]注意事项：
样本分组 metadata文件中，不要有NA值；不然会报错：
Error in names(ann_colors[[opt$group[i]]]) <- unique(mygroup) :
'names' attribute [12] must be the same length as the vector [11]到此，相信大家对“R语言的heatmap_group_plot.r如何使用”有了更深的了解，不妨来实际操作一番吧！这里是亿速云网站，更多相关内容可以进入相关频道进行查询，关注我们，继续学习！
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