R语言的ssGSEA.r怎么使用

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ssGSEA.r  单样本基因集富集分析

使用方法：

$Rscript ../scripts/ssGSEA.r -h
usage: ../scripts/ssGSEA.r [-h] -i expset -g geneset [-o outdir] [-p prefix]
ssGSEA免疫侵润分析
optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -i expset, --expset expset
                        input gene expression set matrix from RNA-seq data csv
                        format [required]
  -g geneset, --geneset geneset
                        input gene set database [required]
  -o outdir, --outdir outdir
                        output file directory [default cwd]
  -p prefix, --prefix prefix
                        output file name prefix [default demo]

参数说明：

-i 基因表达量  ， 建议用TPM标准化之后的数据：

-g 基因集  两列数据，第一列细胞类型，第二列为基因

结果说明：

得到每一个样本的不同基因集中的NES值： 

NES值：用最大值与最小值间的绝对差对ssGSEA分数进行标准化。

方法说明：

单样本基因集富集分析（single sample gene set enrichment analysis, ssGSEA），是GSEA方法的扩展，主要是针对单个样本无法做GSEA而设计。文章2009年发表于nature，题目为Systematic RNA interference reveals that oncogenic KRAS-driven cancers require TBK1。

首先对给定样本的基因表达值进行秩次标准化，然后利用经验累积分布函数计算富集分数（ES）。设给定基因集为G，包含基因数为NG，给定单个样本为S，表达谱包含基因数为N，N个基因按它们绝对表达值从高到低确定秩次。i 从1赋值到N，依此计算PGw和PNG。

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