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首先准备sample-metadata.tsv文件,样本的barcode 文件信息,这里以双端测序为例:
sample-id forward-barcodes reverse-barcodes Lin027 GATCTGCA CTACGATG Lin028 GATCTGCA GACATAGC Lin029 GATCTGCA GATCTGCA Lin032 GATCTGCA GCGTATGA Lin033 GATCTGCA GTATGCGA
准备测序数据,没有拆分的双端数据放到一个目录:muxed-pe-barcode-in-seq,分别命名为:forward.fastq.gz reverse.fastq.gz
数据导入:
qiime tools import --type MultiplexedPairedEndBarcodeInSequence \ --input-path muxed-pe-barcode-in-seq \ --output-path multiplexed-seqs.qza
利用qiime cutadapt 插件拆分数据:
qiime cutadapt demux-paired --i-seqs multiplexed-seqs.qza \ --m-forward-barcodes-file sample-metadata.tsv \ --m-forward-barcodes-column forward-barcodes \ --m-reverse-barcodes-file sample-metadata.tsv \ --m-reverse-barcodes-column reverse-barcodes \ --o-per-sample-sequences per_sample_sequences.qza \ --o-untrimmed-sequences untrimmed_sequences.qza
per_sample_sequences.qza 这个文件是拆分好的数据,并且已经去掉了barcode序列。
如果想去除引物可以使用:
qiime cutadapt trim-paired \ --i-demultiplexed-sequences per_sample_sequences.qza \ --p-cores 4 \ --p-no-indels \ --p-front-f ACTCCTACGGGAGGCAGCAG \ --p-front-r GGACTACHVGGGTWTCTAAT \ --o-trimmed-sequences primer-trimmed-demux.qza
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