本篇内容介绍了“如何绘制circos图”的有关知识,在实际案例的操作过程中,不少人都会遇到这样的困境,接下来就让小编带领大家学习一下如何处理这些情况吧!希望大家仔细阅读,能够学有所成!
数据准备
绘制需要两项基本内容,其一是染色体信息文件(核型文件),主要目的是在图片上显示出染色体,并进行颜色等相关设置;其二是标签文字文件(文本text文件),主要目的是在染色体上具体的位置将基因作为label显示。
核型文件(chr.info)
格式如下所示:
chr - 1 Chr1 0 30427671 chr1 chr - 2 Chr2 0 19698289 chr2 chr - 3 Chr3 0 23459830 chr3 chr - 4 Chr4 0 18585056 chr4 chr - 5 Chr5 0 26975502 chr5
文件以TAB分隔,前两列可以不变,而需要注意第三列到最后一列的信息,第三列为染色体实际编号,第四列是图片上进行显示的编号,第五列表示染色体长度的起始,第六列对应染色体的终止,也就是最终长度,最后一列实际上控制的是染色体的颜色,chr1至chr5都对应不同的颜色。
text文件(text.txt)
文件格式如下(全部内容共24行,此处仅显示部分):
5 25982254 25986435 AT5G65050 4 17835217 17838969 AT4G37940 4 12023824 12028004 AT4G22950 3 22618259 22620529 AT3G61120 1 25982294 25986349 AT1G69120
文件依然以TAB分隔,第一列表示标签文字(基因)出现的染色体实际编号,第二列第三列表示基因位于该染色体上的起止坐标位置,第四列是该基因的ID即在染色体上显示的文字。
绘图配置
进行circos绘图,需要依据最终目标整理配置文件,也就是对图片进行各种细节设置,以目标图片为例,配置文件(config.txt)如下:
chromosomes_units=100000 #chromosomes_reverse=/[12345]/ <ideogram> fill=yes label_font=default label_parallel=yes label_radius=1.1r label_size=45 radius=0.5r show_label=yes <spacing> default=0.005r </spacing> stroke_color=dgrey stroke_thickness=2p thickness=0.03r </ideogram> karyotype=/share/circos/result/chr.info <plots> <plot> type=text color=red file=/share/circos/result/text.txt label_font=condensed label_size=30 label_snuggle=yes 参考:https://www.亿速云.com/article/678 show_links=yes link_color=black link_dims=0p,20p,50p,2p,2p link_thickness=2p r0=1r r1=1r+200p rpadding=5p </plot> </plots> show_tick_labels=yes show_ticks=yes <ticks> color=black multiplier=1e-6 radius=1r thickness=2p <tick> size=10p spacing=5u </tick> <tick> color=black format=%d label_offset=10p label_size=25p show_label=yes size=15p spacing=10u thickness=4p </tick> </ticks> <colors> <<include etc/colors.conf>> <<include etc/brewer.conf>> </colors> <fonts> <<include etc/fonts.conf>> </fonts> <image> <<include etc/image.conf>> </image> <<include etc/housekeeping.conf>>
命令行绘图
在安装软件之后,运行绘图命令,即可获得基础图片:
/share/work/biosoft/circos/circos-0.69/bin/circos -conf config.txt --outputdir ./ -outputfile test
“如何绘制circos图”的内容就介绍到这里了,感谢大家的阅读。如果想了解更多行业相关的知识可以关注亿速云网站,小编将为大家输出更多高质量的实用文章!
免责声明:本站发布的内容(图片、视频和文字)以原创、转载和分享为主,文章观点不代表本网站立场,如果涉及侵权请联系站长邮箱:is@yisu.com进行举报,并提供相关证据,一经查实,将立刻删除涉嫌侵权内容。