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WGCNA怎么根据KME值筛选hub基因

发布时间:2022-03-19 09:56:21 来源:亿速云 阅读:2022 作者:iii 栏目:开发技术

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WGCNA分析中需要找出模块中也就共表达网络中的hub基因:

这里可以根据:KME (eigengene connectivity)值来筛选hub基因:Hub genes are those that show most connections in the network as indicated by their high KME (eigengene connectivity) value

代码部分很简单,输出所有的基因与模块的KME矩阵,然后筛选每个模块中kme最大的前几个基因就是hub基因:

#mergedMEs是经过相似模块合并之后的最终模块对应的模块特征基因:

MEs = mergedMEs


#输出结果:

datKME=signedKME(datExpr, MEs, outputColumnName="kME_MM.")
write.csv(datKME, "kME_MM_test.csv")

读到这里,这篇“WGCNA怎么根据KME值筛选hub基因”文章已经介绍完毕,想要掌握这篇文章的知识点还需要大家自己动手实践使用过才能领会,如果想了解更多相关内容的文章,欢迎关注亿速云行业资讯频道。

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