这篇文章给大家分享的是有关如何将TCGA的ENSG编号转换成gene symbol的内容。小编觉得挺实用的，因此分享给大家做个参考，一起跟随小编过来看看吧。
TCGA的ENSG编号转换成gene symbol
TCGA 数据库中的基因编号采用的Esembl 的编号，但是有些分析软件，需要输入的基因编号是 gene symbol ，这就需要将Esemble 的ID 转换成gene symbol 。
采用clusterProfiler 进行转换：
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# 加载相关软件包
> library(clusterProfiler)
> library(org.Hs.eg.db)
# org.Hs.eg.db 包提供的ID转换类型
> keytypes(org.Hs.eg.db)
[1] "ACCNUM" "ALIAS" "ENSEMBL" "ENSEMBLPROT" "ENSEMBLTRANS" "ENTREZID" "ENZYME" "EVIDENCE" "EVIDENCEALL"
[10] "GENENAME" "GO" "GOALL" "IPI" "MAP" "OMIM" "ONTOLOGY" "ONTOLOGYALL" "PATH"
[19] "PFAM" "PMID" "PROSITE" "REFSEQ" "SYMBOL" "UCSCKG" "UNIGENE" "UNIPROT"
# 测试ID
> test_id <- c("ENSG00000000971", "ENSG00000001084", "ENSG00000001460", "ENSG00000001461", "ENSG00000001626", "ENSG00000001630")
# 采用bitr 命令进行ID的转换
> gene_ids <- bitr(test_id, fromType="ENSEMBL", toType=c("SYMBOL", "GENENAME"), OrgDb="org.Hs.eg.db")
'select()' returned 1:1 mapping between keys and columns
# 查看转换的结果
> gene_ids
ENSEMBL SYMBOL GENENAME
1 ENSG00000000971 CFH complement factor H
2 ENSG00000001084 GCLC glutamate-cysteine ligase catalytic subunit
3 ENSG00000001460 STPG1 sperm tail PG-rich repeat containing 1
4 ENSG00000001461 NIPAL3 NIPA like domain containing 3
5 ENSG00000001626 CFTR cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
6 ENSG00000001630 CYP51A1 cytochrome P450 family 51 subfamily A member 1感谢各位的阅读！关于“如何将TCGA的ENSG编号转换成gene symbol”这篇文章就分享到这里了，希望以上内容可以对大家有一定的帮助，让大家可以学到更多知识，如果觉得文章不错，可以把它分享出去让更多的人看到吧！
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