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怎么使用R语言筛选基因

发布时间:2022-03-18 14:46:15 来源:亿速云 阅读:1083 作者:小新 栏目:开发技术

这篇文章给大家分享的是有关怎么使用R语言筛选基因的内容。小编觉得挺实用的,因此分享给大家做个参考,一起跟随小编过来看看吧。

筛选基因

基因表达数据矩阵,输入数据截图怎么使用R语言筛选基因

代码部分:

myfpkm<-read.table("All_gene_fpkm.txt",header=TRUE,comment.char="",sep = "\t",check.names=FALSE,row.names=1)
head(myfpkm)
myfpkm[order(rowSums(myfpkm),decreasing=T)[1:5000],]  #筛选表达量高的前5000个基因
myfpkm[rowSums(myfpkm)>1,]  #筛选掉表达量低的基因

minRowFPKM=rowMeans(myfpkm)>2  #按平均数筛选
minNumFPKM=rowSums(myfpkm>0)>10 #表达量不为0的样品个数筛选
myfpkm=myfpkm[minRowFPKM & minNumFPKM,] #联合一下

感谢各位的阅读!关于“怎么使用R语言筛选基因”这篇文章就分享到这里了,希望以上内容可以对大家有一定的帮助,让大家可以学到更多知识,如果觉得文章不错,可以把它分享出去让更多的人看到吧!

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