这篇文章主要介绍“Ubuntu怎么将nii图像保存成png格式”的相关知识,小编通过实际案例向大家展示操作过程,操作方法简单快捷,实用性强,希望这篇“Ubuntu怎么将nii图像保存成png格式”文章能帮助大家解决问题。
系统:Ubuntu 16.04
软件: python 3.5
先用pip安装nibabel、numpy、imageio、os。
import nibabel as nib
import numpy as np
import imageio
import os
def read_niifile(niifile): #读取niifile文件
img = nib.load(niifile) #下载niifile文件(其实是提取文件)
img_fdata = img.get_fdata() #获取niifile数据
return img_fdata
def save_fig(file): #保存为图片
fdata = read_niifile(file) #调用上面的函数,获得数据
(x,y,z) = fdata.shape #获得数据shape信息:(长,宽,维度-切片数量)
for k in range(z):
silce = fdata[k,:,:] #三个位置表示三个不同角度的切片
imageio.imwrite(os.path.join(savepicdir,'{}.png'.format(k)),silce)
#将切片信息保存为png格式
dir = './.nii' #nii的路径
savepicdir = '' #保存png的路径
os.mkdir(savepicdir) #创建文件夹
save_fig(dir) #运行程序,保存为图像
不要忘记返回img_fdata,否则下一个文件会报错。
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