R语言单元格为方块的热图举例分析

发布时间：2021-11-22 15:51:51 阅读：516 作者：iii 栏目：大数据

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我选择使用R语言的ggplot2来实现，这个是箱线图和热图的拼接，右侧的热图可以借助geom_point()函数实现，将点的形状改为正方块，数值按照正负来映射颜色，按照一定的数值来映射大小。

首先构造一份数据集

set.seed("20200407")x<-seq(-1,1,by=0.001)df<-data.frame(matrix(sample(x,90),nrow = 6))head(df)colnames(df)<-paste0("Y",1:15)rownames(df)<-paste0("X",1:6)write.csv(df,file = "20210407_example.csv",quote = F)

这样是宽格式数据，ggplot2作图需要整理成长格式

df<-read.csv("20210407_example.csv",header=T)head(df)df1<-reshape2::melt(df,id.vars="Sample")head(df1)

构造数据

library(dplyr)df1%>%  mutate(group_1 = case_when(    value <= 0 ~ "A",    TRUE ~ "B"  ))%>%  mutate(group_2=case_when(    value >= -1 & value < -0.7 ~ "[-1,-0.7)",    value >= -0.7 & value < -0.5 ~ "[-0.7,-0.5)",    value >= -0.5 & value < -0.3 ~ "[-0.5,-0.3)",    value >= -0.3 & value <= 0 ~ "[-0.3,0]",    value > 0 & value <= 0.3 ~ "(0,0.3)",    value > 0.3 & value <= 0.5 ~ "(0.3,0.5]",    value > 0.5 & value <= 0.7 ~ "(0.5,0.7]",    value > 0.7 & value <= 1 ~ "(0.7,1]",  ))%>%  mutate(value_1=case_when(    value >= -1 & value < -0.7 ~ -0.8,    value >= -0.7 & value < -0.5 ~ -0.6,    value >= -0.5 & value < -0.3 ~ -0.4,    value >= -0.3 & value <= 0 ~ -0.2,    value > 0 & value <= 0.3 ~ 0.2,    value > 0.3 & value <= 0.5 ~ 0.4,    value > 0.5 & value <= 0.7 ~ 0.6,    value > 0.7 & value <= 1 ~ 0.8,  )) -> df2

构造数据用于添加线段

df3<-data.frame(  x = seq(1.5,5.5,1),  xend = seq(1.5,5.5,1),  y = -Inf,  yend = Inf)df3df4<-data.frame(  x = -Inf,  xend = Inf,  y = seq(1.5,14.5,1),  yend = seq(1.5,14.5,1))

画图

library(ggplot2)ggplot(data=df2,aes(x=Sample,y=variable))+  geom_point(aes(size=abs(value_1),                 color=factor(value_1)),             shape=15)+  scale_color_manual(values = c(rep("#fe0000",4),rep("#009ccc",4)))+  theme_bw()+  theme(panel.grid = element_blank(),        panel.border = element_rect(color="grey"),        axis.ticks = element_blank())+  geom_segment(data=df3,aes(x=x,xend=xend,y=y,yend=yend),               color="grey")+  geom_segment(data=df4,aes(x=x,xend=xend,y=y,yend=yend),               color="grey")+  scale_size_continuous(range = c(2,10))+  scale_y_discrete(position = "right")+  labs(x=NULL,y=NULL)