温馨提示×

温馨提示×

您好,登录后才能下订单哦!

密码登录×
登录注册×
其他方式登录
点击 登录注册 即表示同意《亿速云用户服务条款》

LGC工具有什么用

发布时间:2022-01-17 11:00:13 来源:亿速云 阅读:146 作者:小新 栏目:大数据

这篇文章主要介绍了LGC工具有什么用,具有一定借鉴价值,感兴趣的朋友可以参考下,希望大家阅读完这篇文章之后大有收获,下面让小编带着大家一起了解一下。

中科院北京基因组研究所搭建了国内的大数据中心BIGD, 拥有海量计算资源,5000以上CPU,8PB以上的存储,借助庞大的计算资源,存储了高通量测序产生的各种组学数据,同时集成了各种分析软件,组成了一个组学数据整合,挖掘的应用体系。

今天要介绍的LGC工具就是整合在BIGD中的一款lncRNA预测软件,源代码保存在BIGD提供的BioCode`数据库中,网址如下

http://bigd.big.ac.cn/biocode/tools/BT000004

同时还提供了在线版本,网址如下

http://bigd.big.ac.cn/lgc

在线工具支持fasta, bed, gtf三种格式的输入文件,示意如下

LGC工具有什么用

对于bedgtf这两种格式而言,还需要指定基因组版本,目前支持以下几种

  1. Human (hg38, GRCh48)

  2. Human (hg19, GRCh47)

  3. Mouse (GRCm38/mm10)

  4. Mouse (NCBI Build 37/mm9)

  5. Fly (dm3, BDGP Release 5)

  6. Zebrafish (Zv9/danRer7)


本地版的安装也很简单,采用了python语言进行开发,只需要下载源代码就可以了,需要注意的是,该软件依赖biopython模块。本地版的用法如下

python lgc-1.0.py  transcript.fa output.txt

第一个参数为转录本对应的fasta格式的序列,第二个参数为输出文件,其内容可以分为
两部分,以#开头的注释行,解释了正文中每一列的含义,如下所示

LGC工具有什么用

正文内容如下所示

LGC工具有什么用

其中Coding lable那一列标识了转录本的蛋白编码情况。

感谢你能够认真阅读完这篇文章,希望小编分享的“LGC工具有什么用”这篇文章对大家有帮助,同时也希望大家多多支持亿速云,关注亿速云行业资讯频道,更多相关知识等着你来学习!

向AI问一下细节

免责声明:本站发布的内容(图片、视频和文字)以原创、转载和分享为主,文章观点不代表本网站立场,如果涉及侵权请联系站长邮箱:is@yisu.com进行举报,并提供相关证据,一经查实,将立刻删除涉嫌侵权内容。

AI