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Hi-C数据可视化工具Genome Browser的实例分析

发布时间:2021-12-29 15:22:57 来源:亿速云 阅读:217 作者:柒染 栏目:大数据

今天就跟大家聊聊有关Hi-C数据可视化工具Genome Browser的实例分析,可能很多人都不太了解,为了让大家更加了解,小编给大家总结了以下内容,希望大家根据这篇文章可以有所收获。

对于chip_seq的数据,我们可以通过UCSC, igvtools等基因组浏览器来展示和查看相应的数据,而对于三维基因组学的结果信息,这些二维基因组浏览器就不能够有效的进行展示了。随着三维基因组学的发展,相关的可视化软件也越来越多, 3D Genome Browser就是其中一个,是一个用于展示三维基因组学数据的在线网站,可以展示以下多种信息

  1. Hi-C

  2. ChIA-PET

  3. Capture Hi-C


对于Hi-C数据,可以查看已发表的公共数据集的结果,也可以展示自己的数据分析结果,通过如下所示的步骤,选择展示的数据和对应的染色质区域

Hi-C数据可视化工具Genome Browser的实例分析

结果示意如下

Hi-C数据可视化工具Genome Browser的实例分析

除了展示单一的Hi-C数据,还支持导入UCSC或者Epigenome 基因组浏览器中的chip_seq, RNA_seq等二维结果。在下图所示的红框出输入数据的URL链接

Hi-C数据可视化工具Genome Browser的实例分析

然后点击update即可,支持同时展示多个二维数据集,结果示意如下

Hi-C数据可视化工具Genome Browser的实例分析

该网站也提供了Promoter Capture Hi-C数据的展示,但是只支持公共数据集,通过下图所示的步骤选择对应的数据集

Hi-C数据可视化工具Genome Browser的实例分析

展示结果示意如下

Hi-C数据可视化工具Genome Browser的实例分析

看完上述内容,你们对Hi-C数据可视化工具Genome Browser的实例分析有进一步的了解吗?如果还想了解更多知识或者相关内容,请关注亿速云行业资讯频道,感谢大家的支持。

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