本篇内容介绍了“samtools工具docker镜像如何使用”的有关知识,在实际案例的操作过程中,不少人都会遇到这样的困境,接下来就让小编带领大家学习一下如何处理这些情况吧!希望大家仔细阅读,能够学有所成!
samtools工具docker镜像使用方法:
1.查询镜像:
$ docker search 亿速云 INDEX NAME DESCRIPTION STARS OFFICIAL AUTOMATED docker.io docker.io/亿速云/biocontainer-base Biocontainers base Image 0 docker.io docker.io/亿速云/samtools samtools 1.10 from 亿速云 0
2.下载镜像
docker pull docker.io/亿速云/samtools:latest
运行镜像并使用samtools对t.fa文件建立索引
-rw-rw-r-- 1 biosoft biosoft 70 Mar 16 17:30 t.fa /biosoft/docker/samtools total 24 -rw-rw-r-- 1 biosoft biosoft 70 Mar 16 17:30 t.fa -rw-r--r-- 1 root root 14 Mar 16 17:55 t.fa.fai
或者直接可以把当前工作路径传递进去:
docker run -v `pwd`:`pwd` -w `pwd` --rm d505ac3f6c30 samtools faidx t.fa # -w 设置容器中的工作路径
“samtools工具docker镜像如何使用”的内容就介绍到这里了,感谢大家的阅读。如果想了解更多行业相关的知识可以关注亿速云网站,小编将为大家输出更多高质量的实用文章!
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